Chaque lot d'ingrédients devrait être en relation avec un bordereau informatif. Ce bordereau suit les ingrédients de la réception jusqu'à l'expédition. Pendant toutes les étapes de la fabrication, les ingrédients et les aliments sont encore contrôlés et analysés. Les employés doivent respecter les formulations préparées par les nutritionnistes. Les risques d'erreurs sont moindres dans les meuneries où les opérations sont entièrement automatisées comparativement aux meuneries où plusieurs opérations se font manuellement.

Après la fabrication d'un aliment médicamenté, les employés doivent nettoyer les appareils avec des ingrédients neutres tels que les grains et les tourteaux (cette procédure s'appelle un curage), avec de l'air ou avec des détergents non-chimiques avant la fabrication d'un aliment non médicamenté. Le curage est très fréquent, mais le nettoyage avec de l'air ou des détergents requiert beaucoup de temps et est donc très peu utilisé. Ce nettoyage sert à éviter les contaminations (médicaments) entre les formules. De plus, les appareils doivent être régulièrement vérifiés, lubrifiés (si nécessaire) et ajustés au bon poids.

Tous les produits finis doivent être contrôlés et échantillonnés avant l'expédition. Ces échantillons ainsi qu'une documentation appropriée de toutes les étapes suivies lors de la fabrication permet de faire une étude sérieuse de la responsabilité de la meunerie lorsqu'un problème survient chez un producteur. L'assurance et le contrôle de la qualité des aliments est un système qui demande beaucoup de responsabilités, de temps et surtout, beaucoup d'argent. Cependant, malgré le coût élevé de ces opérations, le système mis en place peut aider à prévenir plusieurs erreurs dispendieuses tout en garantissant l'innocuité des produits livrés aux clients.