Afin de pallier ces problèmes, certaines meuneries disposent de plus d'une chaîne de fabrication. De cette manière, les aliments médicamentés sont toujours faits dans les mêmes appareils et les aliments non-médicamentés dans une autre chaîne de fabrication réduisant ainsi les risques de contamination.

D'autres usines ne disposent que d'une seule chaîne de fabrication. Il est alors important de respecter un ordre précis de fabrication des aliments. Les formulations non-médicamentées devraient être fabriquées avant les formulations médicamentées, afin d'éviter les contaminations. Lorsqu'un aliment non-médicamenté doit être fabriqué après un aliment médicamenté, certaines précautions doivent être prises. Il est alors nécessaire de faire un nettoyage interne des appareils appelé curage ou "flushing". Ce nettoyage peut être fait par un lavage avec de l'air, de l'eau ou à l'aide d'un ingrédient neutre tel que les grains ou les tourteaux. On introduit alors dans le système de fabrication une certaine quantité de maïs moulu ou de tourteau de soya afin de le nettoyer. Cet ingrédient contaminé est ensuite entreposé temporairement en attendant son usage ultérieur dans un lot contenant le ou les contaminants possibles.

L'ordre d'incorporation des ingrédients dans la trémie de la balance n'est pas le même d'une meunerie à l'autre. Cependant, le principe est assez similaire. Tout d'abord, on ajoute les ingrédients majeurs (grains moulus, tourteaux, son, etc.). Ensuite, les minéraux majeurs sont incorporés. Finalement, les micro-prémélanges et les additions manuelles (médicaments et autres additifs) peuvent être ajoutés dans la trémie ou dans le mélangeur.

Principe d'incorporation des ingrédients dans la trémie de la balance